《新疆农业大学学报》（双月刊）创刊于1965年，是新疆农业大学主办的向国内外公开发行的农业综合性学术期刊。办刊宗旨是：坚持四项基本原则，贯彻“科学技术必须面向经济建设”和“百花齐放，百家争鸣”的方针，为促进学术交流，发展学科理论，推动科技进步，发展农业生产服务。报道范围主要刊登本校各分院、研究所的科研新成果，适当刊登外来稿。从多方面反映了农业的科技发展新动态。读者对象为国内外农业科技工作者、高等院校师生及农业管理人员。

《新疆农业大学学报》1996年在第二届全国农业期刊评比中荣获“优秀农业期刊奖”；1997年荣获第二届全国优秀科技期刊评比“三等奖”；1999年在全国高等学校自然科学学报及教育部优秀科技期刊评比中荣获“三等奖”。